Faire un diagnostic biodiversité agricole pour les démarches SBTN

Parcelles agricoles françaises bordées de haies, bandes enherbées et habitats naturels observés dans le cadre d'un diagnostic biodiversité.
Publié le 13 novembre 2026

Pour mesurer la biodiversité des parcelles de votre amont agricole, vous pouvez solliciter un bureau d’études en écologie pour les inventaires naturalistes, un cabinet spécialisé en agriculture et biodiversité pour évaluer les pratiques et les habitats, ou un expert de filière pour structurer les données nécessaires à votre démarche SBTN. Ces intervenants peuvent travailler ensemble, car ils ne mesurent pas les mêmes éléments. Le choix dépend donc des informations que votre entreprise doit documenter, de la localisation de ses approvisionnements et des objectifs poursuivis.

Quels professionnels peuvent mesurer la biodiversité sur les parcelles agricoles ?

Le premier interlocuteur à envisager pour observer directement la biodiversité est un bureau d’études en écologie ou un écologue spécialisé dans les inventaires naturalistes. Ces professionnels peuvent étudier les espèces présentes, les habitats et les caractéristiques écologiques des parcelles, en fonction du protocole retenu.

L’Office français de la biodiversité (OFB) identifie notamment les bureaux d’études en écologie et les chercheurs parmi les acteurs intervenant dans la caractérisation et le suivi des écosystèmes. Il rappelle également que le choix de l’échantillonnage conditionne les données obtenues et les analyses possibles. Les recommandations de l’Office français de la biodiversité constituent ainsi un repère utile pour préparer une mission.

Les écologues et naturalistes : observer les espèces et les habitats

Leur intervention consiste à réaliser des observations adaptées aux groupes biologiques recherchés. Selon les objectifs, le suivi peut concerner la flore, les insectes, les oiseaux, les chauves-souris ou les organismes du sol. Chaque groupe nécessite des modalités d’observation et des périodes de suivi adaptées.

L’Observatoire agricole de la biodiversité (OAB), porté par le dispositif Vigie-Nature du Muséum national d’histoire naturelle, propose notamment des protocoles concernant les vers de terre, les abeilles solitaires, les papillons, les invertébrés terrestres et les chauves-souris. Les professionnels agricoles peuvent ainsi participer à des suivis structurés, avec des observations mises en relation avec les pratiques culturales. Les protocoles de l’Observatoire agricole de la biodiversité illustrent cette approche.

Attention toutefois : observer quelques groupes biologiques ne revient pas à dresser un inventaire exhaustif de toute la biodiversité d’une exploitation. Le périmètre, la méthode et les périodes d’observation doivent être définis avant la mission.

Naturaliste observant des insectes pollinisateurs sur une bande florale en bordure d'une parcelle agricole.
L’observation de terrain nécessite des protocoles adaptés aux groupes biologiques recherchés.

Pourquoi faire appel à un cabinet spécialisé en biodiversité agricole ?

Un bureau d’études naturaliste répond principalement à une question : quels organismes et habitats sont observés dans le périmètre étudié ? Un cabinet spécialisé en agriculture et environnement intervient sur une problématique plus large : comment les pratiques agricoles, les caractéristiques des exploitations et l’organisation de la filière influencent-elles les enjeux de biodiversité ?

Agrosolutions présente notamment des prestations d’accompagnement stratégique et technique des filières, de quantification des impacts biodiversité et de construction d’indicateurs agricoles. Son intervention documentée couvre différents périmètres, notamment l’exploitation, l’entreprise, le site ou le produit.

Agrosolutions indique également travailler avec des outils comme le Global Biodiversity Score et Darwin et proposer un accompagnement pour structurer les indicateurs et les plans d’action. Ces éléments décrivent les prestations présentées par le cabinet : ils ne constituent pas une évaluation indépendante de ses performances et ne permettent pas de présumer que chaque mission comprend des inventaires naturalistes réalisés sur le terrain.

Quels outils et diagnostics permettent d’évaluer la biodiversité agricole ?

Plusieurs dispositifs peuvent contribuer au diagnostic, mais leurs résultats ne sont pas interchangeables.

Dispositif Objectif et données produites Échelle Limite à connaître
Observatoire agricole de la biodiversité (OAB) Observations standardisées de groupes biologiques : vers de terre, abeilles solitaires, papillons, invertébrés et chauves-souris. Parcelles agricoles suivies selon les protocoles. Ne constitue pas un inventaire exhaustif de toutes les espèces.
Diagnostic-Action Biodiversité de Solagro Évaluation du potentiel d’accueil de la biodiversité fonctionnelle, analyse des pratiques et cartographie des infrastructures agroécologiques. Exploitation et suivi de fournisseurs. La documentation disponible date de 2019 ; la disponibilité actuelle doit être vérifiée.
AgriBEST Autodiagnostic des pratiques agricoles et de leurs effets potentiels sur les écosystèmes et les services écosystémiques. Exploitation agricole. Un score de pratiques ne remplace pas une observation naturaliste.

La différence essentielle tient à la nature des résultats. L’OAB repose sur des observations de terrain selon des protocoles ciblés. Le Diagnostic-Action Biodiversité de Solagro s’intéresse notamment au potentiel d’accueil de la biodiversité fonctionnelle et au suivi des fournisseurs à partir de 78 indicateurs, selon sa documentation publiée en 2019. AgriBEST, de son côté, évalue les pratiques et leurs effets potentiels à partir de relations entre facteurs agricoles et services écosystémiques.

Le projet CASDAR APPRIVOISE, auquel Agrosolutions a participé avec notamment ARVALIS, l’ACTA, la Scara et SMAG, apporte un autre exemple de développement d’indicateurs agricoles. Six indicateurs ont été retenus : biodiversité globale, couverture des sols, ressources florales pour les insectes, écotoxicité du programme phytopharmaceutique, perturbation du sol et qualité du système agricole et du paysage pour les perdrix. Ces indicateurs ont été testés dans une trentaine de fermes représentant différents systèmes de culture.

Leur intérêt réside dans la possibilité de relier certaines pratiques et caractéristiques paysagères aux enjeux de biodiversité. Ils ne correspondent toutefois pas à six inventaires biologiques indépendants.

Pour approfondir la méthode d’autodiagnostic, consultez la méthodologie d’AgriBEST.

Que doit mesurer un diagnostic biodiversité pour une démarche SBTN ?

Le diagnostic doit être construit à partir des objectifs de la démarche, et non autour d’un inventaire choisi par défaut. Cette distinction est particulièrement importante depuis la publication de la méthodologie SBTN 2.0, lancée le 13 octobre 2026.

Pour une entreprise ayant commencé ses travaux avec une version antérieure, le calendrier de validation doit également être vérifié. Selon les ressources officielles SBTN et de l’Accountability Accelerator, les travaux utilisant les versions V1 admissibles des étapes 1 et 2 ainsi que les méthodes foncières V1 restent éligibles à une soumission pour validation jusqu’au 13 avril 2027, sous réserve des conditions applicables. Le lancement de SBTN 2.0 ne rend donc pas automatiquement caducs les travaux antérieurs.

Dans l’évaluation des impacts, le référentiel SBTN s’intéresse notamment aux activités matérielles de l’entreprise, aux pressions environnementales exercées, à l’état de la nature dans les lieux d’approvisionnement et aux dépendances envers les services écosystémiques. Pour une entreprise agroalimentaire, cela implique de relier les informations sur les fournisseurs aux territoires et aux activités agricoles concernés.

Un inventaire naturaliste peut contribuer à documenter l’état de la nature sur un site déterminé. Mais il ne renseigne pas nécessairement toutes les pressions exercées, les dépendances de l’activité ou les caractéristiques des sols. Il faut donc distinguer les données biologiques des informations relatives aux pratiques, aux habitats, à la localisation des approvisionnements et aux pressions environnementales.

Relier les observations de terrain aux cibles foncières et aux données de filière

Les méthodes foncières SBTN 2.0 distinguent plusieurs dimensions complémentaires. La non-conversion des écosystèmes naturels concerne la préservation des espaces naturels. La régénération et la restauration des terres agricoles mobilisent notamment les dimensions Land Area et Land Quality. Cette dernière comprend des indicateurs relatifs au carbone organique des sols, à l’érosion et à l’acidification terrestre. Enfin, l’engagement paysager porte sur une échelle dépassant celle d’une parcelle isolée.

Cette organisation montre pourquoi les données doivent être choisies en fonction de leur utilité. Les observations naturalistes renseignent certains éléments biologiques et les habitats ; les informations sur les pratiques décrivent les modes de gestion ; les analyses de sols apportent des éléments sur la qualité des terres ; la localisation des fournisseurs permet de rattacher ces informations aux zones d’approvisionnement.

Lorsque les données de localisation de l’amont ne sont pas encore suffisantes pour établir certaines cibles foncières territorialisées, SBTN 2.0 prévoit une voie d’engagement des fournisseurs (Supplier Engagement target). Cette possibilité ne dispense pas l’entreprise de travailler sur sa traçabilité : elle permet de distinguer les informations déjà disponibles, celles à obtenir auprès des fournisseurs et les mesures localisées qui pourront être construites ultérieurement selon les conditions de la méthode applicable.

Le Diag’Biodiversité proposé dans le cadre de l’accompagnement Bpifrance/OFB répond à une autre fonction : aider une entreprise à analyser ses impacts, ses dépendances, ses risques et ses opportunités en matière de biodiversité, puis à définir un plan d’action. Il faut cependant distinguer cet accompagnement stratégique d’une campagne d’inventaires naturalistes détaillés sur chaque parcelle fournisseur.

Schéma expliquant comment les données de localisation, les observations naturalistes, les pratiques agricoles et les données sur les sols contribuent à l'évaluation et aux cibles foncières SBTN.
Les observations biologiques, les données agricoles et les données foncières documentent des dimensions complémentaires de l’évaluation.

Comment choisir un prestataire et préparer son diagnostic ?

Avant de demander des devis, il est préférable de définir précisément les informations attendues. Deux prestataires peuvent proposer un diagnostic biodiversité tout en livrant des résultats très différents : l’un peut réaliser des observations de terrain, tandis que l’autre construit un score à partir des pratiques agricoles et des caractéristiques paysagères.

Pour comparer les devis, examinez aussi les principaux facteurs de charge : nombre de parcelles, dispersion géographique, groupes biologiques étudiés, nombre de passages saisonniers, analyses complémentaires, traitement des données et niveau de restitution attendu. Ces éléments peuvent modifier le calendrier et le budget d’une mission ; aucun tarif unique ne peut être déduit du seul intitulé « diagnostic biodiversité ».

Une demande de prestation devrait préciser les éléments suivants :

  • La finalité SBTN : quelle étape de la démarche et quelle question environnementale le diagnostic doit-il documenter ? Quelles données seront utilisées pour l’évaluation ou la fixation des cibles, sans confondre ces livrables avec une validation SBTN ?
  • Le périmètre : quelles exploitations, parcelles et zones d’approvisionnement sont concernées ? Comment les fournisseurs sont-ils localisés ?
  • Les objets mesurés : quels groupes biologiques, habitats, pratiques ou paramètres de qualité des sols seront étudiés ?
  • Les protocoles : quelles méthodes d’échantillonnage seront appliquées, à quelles périodes et selon quelles modalités de terrain ?
  • Les données remises : le prestataire fournit-il les observations brutes, les indicateurs calculés, les métadonnées et les méthodes utilisées ?
  • La réutilisation : les résultats pourront-ils être comparés dans le temps et rattachés aux exploitations et territoires concernés ? Quelles règles encadrent leur extrapolation ?
  • Les livrables : la mission prévoit-elle une restitution cartographique, une analyse des résultats et des propositions d’amélioration des pratiques ?

Les métadonnées sont particulièrement importantes : elles permettent de comprendre comment les observations ont été produites et dans quelles conditions elles peuvent être réutilisées. Un chiffre isolé ou un score sans méthode documentée sera beaucoup moins utile pour construire un suivi cohérent.

Exemple de consultation : une entreprise qui s’approvisionne auprès de nombreuses exploitations céréalières souhaite suivre les haies, les pratiques culturales et certains groupes biologiques. Elle peut demander à un spécialiste agricole de cartographier les infrastructures agroécologiques et de collecter les pratiques, puis à un écologue de définir les observations nécessaires sur des parcelles sélectionnées. Le cahier des charges distinguera alors trois livrables : une base localisée des exploitations et des pratiques, des relevés biologiques assortis de leurs protocoles et une synthèse précisant quelles données peuvent contribuer à l’évaluation SBTN. Ce scénario est illustratif : le périmètre réel dépend des objectifs et des pressions prioritaires de l’entreprise.

Pour un portefeuille important de fournisseurs, un pilote sur un échantillon représentatif de parcelles peut également être pertinent. Il permet de confronter le protocole aux différents systèmes agricoles concernés avant d’étendre le dispositif. Cette démarche constitue une recommandation de déploiement, et non une obligation officielle SBTN.

Un cabinet comme Agrosolutions peut être sollicité pour structurer l’accompagnement biodiversité d’une filière et relier les indicateurs agricoles aux enjeux de l’entreprise. Si des observations naturalistes directes sont nécessaires, il faut également préciser les compétences de terrain mobilisées et les livrables correspondants.

Un diagnostic utile commence par la bonne question de mesure

Pour mesurer la biodiversité de votre amont agricole, choisissez un écologue ou un bureau d’études spécialisé lorsque vous avez besoin d’observations biologiques, un expert agricole lorsque vous devez évaluer les pratiques et le potentiel écologique, et un accompagnement de filière lorsque vous devez organiser les données de plusieurs fournisseurs. Ces compétences peuvent être associées dans un même projet. Le critère décisif reste la correspondance entre les données produites et les objectifs SBTN 2.0 : un inventaire parcellaire constitue une contribution possible, mais ne remplace ni l’évaluation des pressions, ni les données sur les sols, ni la traçabilité et la définition des cibles.

Rédigé par Mathieu Guérin, Rédacteur web intervenant sur les thématiques agricoles et environnementales. Ses contenus abordent les pratiques agricoles, la biodiversité, les innovations et les enjeux de durabilité des filières, avec une attention particulière portée à la compréhension des démarches et des informations techniques.